公益法人については、「「公益法人の設立許可及び指導監督基準」及び「公益法人に対する検査等の委託等に関する基準」について」(平成8年(1996年)9月20日閣議決定)に沿って、公益法人に対する指導監督等を強力に推進し、公益法人が行う行政代行的行為等の透明化を図る。また、「公益法人等の指導監督等に関する関係閣僚会議の開催について」(平成8年(1996年)7月16日閣議口頭了解)に基づき同会議を開催するとともに、平成9年度(1997年度)から毎年度、「公益法人に関する年次報告(仮称)」を作成し、公益法人の実態把握及び基準の実施状況等のフォローアップを行う。